Harim enine dikdörtgen planlı olup ortada mekânın üzeri tromplarla geçişi sağlanan sekizgen yüksek kasnaklı, içten kubbe, dıştan pramidal bir taş külâhla örtülmüştür. Yanlarda serbest durumdaki iki ayak altta köşeleri pahlanmış kare gövdeli olarak düzenlenmiştir. Bu ayaklar geride kalan beden duvarlarına ikişer derin kemerle bağlanmış, orta mekân böylece yanlara doğru bir miktar genişletilmiştir. Alt sırada her cephede sivri kemerli alınlıklı ve dikdörtgen açıklıklı ikişer pencere, üst sırada kuzey hariç diğer üç yönde sivri kemerli açıklıklı birer pencere bulunmaktadır.

Kubbelerde ve tromplarda yeni kalem işi süslemeler vardır. Harimde vaktiyle mevcut olan ve bir şerit halinde düzenlendiği bilinen, XVI. yüzyıl sonu veya XVII. yüzyıl başlarına tarihlenen çinilerden bugün hiçbir iz kalmamıştır. Kıble duvarında beyaz taştan yapılmış olan yeni mihrabın etrafını dört sıra geometrik bordür çevirmektedir. Köşeleri sütunçelerle sınırlandırılmış, yarım sekizgen planlı, mukarnaslı mihrap nişini üstte üç dilimli kemer örter. Ahşap minber yeni olup sadedir. Kuzeydoğu yönündeki pencereden iki aşamalı olarak ulaşılan kâgir mahfil kapının üzerinde yer almaktadır ve hafifçe öne doğru çıkma yapmıştır.

Minarenin, Diyarbekirli Kasap Hacı Hüseyin tarafından 936’da (1530) yaptırıldığı üzerindeki kitâbede yazılıdır. İlk inşasında şimdiki yerinden daha uzakta olan minare 1955 yılından önce sökülerek bugünkü yerinde yeniden inşa edilmiştir. Daha çok Suriye ve Güneydoğu Anadolu’da görülen minareler gibi kare kesitli prizmatik gövdeli olan minare siyah beyaz taşlardan almaşık bir örgüye sahiptir. Üstündeki silindirik gövdeli kısım sonradan eklenmiş olmalıdır. Minarede dört sıra halinde düzenlenmiş kitâbeler bulunur (Beysanoğlu, Anıtları ve Kitâbeleri ile Diyarbakır Tarihi, II, 455). 16. yüzyılda şehre gelen Evliya Çelebi, Nebi Camii hakkında; “Dağ Kapısı yakınında eski bir camidir. Gayet ruhaniyetli olup kubbeleri kargirdir. Baştanbaşa kurşunludur. Dört köşe bir minaresi vardır. Bir tarafında Şafiiler Camisi vardır. Mihrap ve minberi, müezzinler mahfili gayet sanatlıdır. Avlusunda bulunan havuzu ve fıskiyesi sanatlıdır. Cemaati çoktur. Yapıcısının Hazret-i Peygamberi rüyasında görüp, onun öğretmesiyle yaptığı için Peygamber Camii derler” diye bahsetmiştir.

Caminin İnönü caddesine bakan tarafında yer alan türbe 1718’de Vali Köprülü Abdullah Paşa tarafından eşi Zübeyde Hanım ve kızı Leyla Hanım için yaptırılmıştır.

Üstü demir parmaklıklarla kubbe şeklinde örtülü olan türbenin duvarlarında Şair Hâmi’nin bir mersiyesi yazılıdır. Bitti