Ünlü bilgine hayran olan Fatih Sultan Mehmed, kendisinden İstanbul'da kalmasını rica etti.Kuşçu, bu daveti elçilik görevini bitirdikten sonra gerçekleştirebileceğini bildirdi ve Tebriz'e geri döndü. Bir süre sonra ise bütün ailesini alarak İstanbul'a geri geldi. İkinci Mehmet'in emriyle Kuşçu, Osmanlı-Akkoyunlu sınırında büyük bir törenle karşılandıve devamında Fatih, ününü önceden duyduğu ve daha ilk görüşmesinde takdir ettiği bu bilim insanına hizmetinde çalışması için teklifte bulundu.
O’nun İstanbul’a gelmesi hem astronomi hem de matematik alanında Osmanlı bilimi için önemli bir dönüm noktası sayılmaktadır.
Yaklaşık bir sene Ayasofya Medresesi’nde astronomi, matematik ve diğer fen ilimlerinde dersler veren Ali Kuşçu’nun buradaki en önemli faaliyeti başta Semâniye Medresesi olmak üzere bütün Osmanlı medreselerindeki ders programlarını düzenlemesi oldu. Ali Kuşçu’nun medresede verdiği dersler dönemin ileri gelen bilim insanları tarafından dikkatle takip edilmiş, astronomi ve matematik çalışmalarına ciddi bir düzen getirmesi neticesinde devamında pek çok önemli bilim insanının yetişmesine vesile olmuştur.
Ali Kuşçu’nun çalışmaları başta Kopernik olmak üzere Avrupa matematik ve astronomi çalışmalarına da çok ciddi olarak etki etmişti.
1474 yılında hayatını kaybeden Ali Kuşçu'nun çalışmaları kelam, dil bilgisi ve matematik, astronomi yönünde gelişti. Adudüddin'in Risale-i Adüdiye'sine (Adudüddin'in Risalesi) yaptığı yorumlar ve özellikle Unkud-üz-Zevahir fi Nazm-ül-Cevahir (Mücevherlerin Dizilmesinde Görülen Salkım) isimli eserleri önemlidir.
Astronomi konusunda ise Farsça yazdığı Riselet-ülfi'lhey'et (Astronomi Risalesi) başta gelir. Eser, bazı ilâvelerle Arapçaya çevrildi. Ali Kuşçu bu nüshaya Risalet-ül-Fethiye (Fetih Risalesi) adını vererek İkinci Mehmet'e sundu.
Ayrıca Uluğ Beyin Zîc'ine yaptığı yorum, en önemli yazılarındandır. Bunlardan başka Mahbub-ül-Hamail fi keşif-il-mesail (Meselelerin Keşfinde Tılsımların en Makbulü) isimli ansiklopedik bir eseri daha vardır.
Bunlardan birisi, Otlukbeli Savaşı sırasında bitirilip zaferden sonra Fatih'e sunulduğu için Fethiye adı verilen astronomi kitabıdır. Eser üç bölümden oluşmaktadır. Birinci bölümde gezegenlerin küreleri ele alınmakta ve gezegenlerin hareketlerinden bahsedilmektedir. İkinci bölüm Yer'in şekli ve yedi iklim üzerinedir. Son bölümde ise Ali Kuşçu, Yer'e ilişkin ölçüleri ve gezegenlerin uzaklıklarını vermektedir. Döneminde hayli etkin olmuş olan bu astronomi eseri küçük bir elkitabı niteliğindedir ve yeni bulgular ortaya koymaktan çok, medreselerde astronomi öğretimi için yazılmıştır. Ali Kuşçu'nun diğer önemli eseri ise, Fatih'in adına atfen Muhammediye adını verdiği matematik kitabıdır. (Bitti)